Sinopse: Michael descobre que Sara ainda está viva e a reencontra. T-Bag, Sucre e Bellick conseguem sair de Sona, provocando um incêndio. Um policial da Agência de Segurança Nacional chamado Self, promete dar liberdade à Michael e seus companheiros(Lincoln, Sucre, Bellick, Mahone e Sara) se conseguissem pegar Scylla. Michael elabora então um plano para roubar, ou melhor, copiar os seis cartões e poder então invadir a Companhia e roubar a Scylla.
Enquanto isso, munido das informações do livro de pássaros de Whistler, T-Bag descobre uma identidade falsa que seria usada por ele e se infiltra na corporação GATE, que é o prédio vizinho a Compahia. Durante o plano para invadir a companhia, Bellick acaba morrendo ajudando o grupo. Michael está muito doente(tumor no cérebro) e precisa ir para o hospital para ser curado, porém recusa para poder ajudar o grupo a invadir o local. Enquanto isso, Gretchen(que não trabalha mais para a Compahia) e T-Bag só pensam em enganar o grupo e poder trocar Scylla por 125 milhões que havia prometido um Chines.
Michael, junto com Sucre e Lincoln, invadem a GATE (prédio ao lado de onde a companhia se localiza) e conseguem Scylla de volta. Cumprindo a missão, Michael entrega Scylla a Self, o qual foge, acabando com a esperança de todos de se tornarem livres e poderem constituir uma vida normal. Self foge com Scylla, que finge para a Agência de Segurança Nacional que Lincoln matou a mulher da recepção do prédio da GATE(Agente disfaçada, parceira de Self)e que também foi baleado por ele, porém a agência consegue descobrir que Self havia "trocado de lado". A Agência, juntamente ao Senador que ajudava Self, tomam a decisão de matar todos os envolvidos na operação para não serem presos, uma vez que a mesma era secreta e não foi autorizada. Michael e Lincoln são salvos por Sucre. Michael e os outros vão atrás de Self para pegar Scylla de volta. Self e Gretchen dão Scylla para um possível comprador para testar e ele foge com Scylla e tenta matar Gretchen e Self.
A Compahia oferece um tratamento alternativo ao "problema" de Michael em troca de Scylla. Lincoln reconhece a situação grave de Michael e a única escolha dele para salvar seu irmão é recuperar Scylla de volta, só que para a companhia e com a ajuda de T-Bag, Gretchen, Mahone e Self. Michael descobre que sua mãe está viva, que trabalha para a Compahia e que está com Scylla. Mahone acha algumas chaves que podem ser a porta para achar Scylla. Ele e Lincoln vão para o sul procurar por isso, Lincoln só acha uma foto antiga de sua mãe gravida de Michael e ele ao lado dela em frente a um carro, que foi alterada, dando uma pista de seu paradeiro. Enquanto isso Bagwell e Self vão para Little Havana em uma igreja procurar o que há em outra porta, eles acham armas automáticas e alguns cartões de segurança. O episódio 17 termina com Christina (mãe de Lincoln e Michael) ordenando o atirador pessoal dela matar Lincoln, pois ele sabia muitas coisas de Christina e que se contasse para o general ela seria caçada. Mais tarde ela revela que Lincoln é adotado e por isso tão diferente de Michael.(por isso também ela não via problemas em matar Lincoln)
Christina, em posse de Scylla tenta vendê-lo, mas Lincoln e Michael conseguem recuperar o dispositivo. Mais tarde, Michael, agora em posse de Scylla, perde o rastro do irmão; Lincoln foi capturado por Christina, que atirou nele para forçar Michael a entregar-lhe o dispositivo. Tendo Sara capturada pela Companhia, Michael, em conjunto com Mahone, arma uma cilada para Christina, enquanto Michael procura resgatar Sara. Michael salva Sara e Mahone salva Lincoln. Sara atira em Cristina para salvar Michael. Além disso, Sucre e C-Note resurgem na história, tendo C-Note procurado Sucre para ajudá-lo a encontrar os irmãos, em troca de exoneração para todos. Kellerman que se julgava morto no fim da segunda temporada surge como aliado das Nações Unidas com o objetivo de adquirir Scylla.
Michael entrega o dispositivo em troca da exoneração de todos os envolvidos, menos T-Bag, que volta à Fox River. Após uma cena na praia de Michael e Sara;(que dá a entender que ele ainda tem o tumor) a história continua, quatro anos depois, mostrando C-note feliz com sua família; a filha de Sucre estudando; Self em estado vegetativo, igual a sua esposa; Mahone casou com a agente que trabalhava com ele e o ajudou a fugir; T-Bag na cadeia vendo um preso ler um livro de auto ajuda da GATE, e ficando irado; e o General sendo executado na cadeira elétrica. E depois mostra a última e mais comovente cena de toda série onde Sara, o filho Michael Jr., Lincoln, Mahone e Sucre se reunem no Panamá para uma visita ao túmulo de Michael Scofield. Ao som de "Lay it Down Slow".
Episódio 1 e 2 -
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